Saison 2008-2009
L'entraineur du Barca B Guardiola est promu à la tête de l'équipe première. Ronaldinho, Deco et Zambrotta sont les principaux départs et Hleb, Seydou Keita, Daniel Alves et Pique sont les principales recrues.
Messi quitte le numéro 19 et reçoit le 10 précédemment porté par Ronaldinho, symbole de la nouvelle dimension que prendra Messi cette saison.
Dès le début de saison, Messi s'impose encore comme le joueur clé de l'équipe. Il obtient la seconde place au ballon d'or 2008 derrière Cristiano Ronaldo. La saison exceptionnelle du portugais, ainsi que le palmarès inexistant du Barça depuis deux ans - auquel le jury accorde une importance décisive - et les fréquentes blessures l'empêchent de remporter le prestigieux trophée.
À la mi-saison, le FC Barcelone compte 50 points en championnat sur 57 possibles en 19 matchs (16 victoire, 2 nuls, 1 défaite lors de la 1re journée) et une différence de buts positive de 46 (une moyenne de buts supérieure à 3 par matchs avec 59 buts marqués et 13 encaissés). En Coupe du Roi le Barça progresse tranquillement, tout comme en phase de poule de Ligue des Champions où Messi est en tête du classement des buteurs (5 buts en 5 apparitions). Messi a la mi-saison, marqué 22 buts en 24 apparitions toutes compétitions confondues.
Le 1er février, mené 1 but à 0 par le Racing Santander à l'extérieur, Messi entre en jeu à la 58e minute et inscrit un doublé et par la même occasion le 5000e but de l'histoire du FC Barcelone en Liga qui permet au Barça de remporter la victoire.
Le 11 mars, Messi contribue à la qualification du Barça pour les quarts de finale 5-2 face à l'Olympique lyonnais en marquant le 3e but lors du huitième de finale retour. Le 8 avril, il marque un doublé et est à l'origine des deux autres buts lors de la victoire 4-0 face au Bayern Munich en quarts de finale aller de la Ligue des champions. Avec 8 buts (et 4 Passes décisives), Messi est, avant les demi-finales contre Chelsea, le meilleur buteur de la Ligue des Champions.
